在科學(xué)識別環(huán)境治理目標(biāo)后，就要合理確定治理內(nèi)容。環(huán)境分區(qū)治理是綜合性的，在考慮環(huán)境問題的同時(shí)還要考慮經(jīng)濟(jì)社會發(fā)展?fàn)顩r，協(xié)調(diào)經(jīng)濟(jì)發(fā)展、社會發(fā)展和環(huán)境保護(hù)之間的關(guān)系，促進(jìn)區(qū)域協(xié)調(diào)發(fā)展。其性質(zhì)應(yīng)是促進(jìn)發(fā)展的分區(qū)，不再是傳統(tǒng)的“環(huán)境保護(hù)與經(jīng)濟(jì)發(fā)展相適應(yīng)”的行政分區(qū)治理，而是“經(jīng)濟(jì)發(fā)展要和環(huán)境保護(hù)相適應(yīng)”的環(huán)境分區(qū)治理，即經(jīng)濟(jì)發(fā)展的強(qiáng)度、規(guī)模、方式等都要和該區(qū)域的資源環(huán)境承載力、環(huán)境狀況等自然條件相吻合，摒棄不顧自然條件的“勻質(zhì)競爭”的模式。

《國務(wù)院關(guān)于編制全國主體功能區(qū)規(guī)劃的意見》指出：“根據(jù)不同主體功能區(qū)的環(huán)境承載能力，提出分類管理的環(huán)境保護(hù)政策。優(yōu)化開發(fā)區(qū)要實(shí)行更嚴(yán)格的污染物排放和環(huán)保標(biāo)準(zhǔn)，大幅度減少污染排放；重點(diǎn)開發(fā)區(qū)要保持環(huán)境承載能力，做到增產(chǎn)減污；限制開發(fā)區(qū)要堅(jiān)持保護(hù)優(yōu)先，確保生態(tài)功能的恢復(fù)和保育；禁止開發(fā)區(qū)要依法嚴(yán)格保護(hù)。”如武漢市依據(jù)城市總體規(guī)劃，將生態(tài)框架體系分為生態(tài)底線區(qū)和生態(tài)發(fā)展區(qū)，并分級保護(hù)，防止城市無序發(fā)展，守住城市生態(tài)安全的底線。山體、湖泊、飲用水源地等生態(tài)核心元素，都受永久保護(hù)，劃入生態(tài)底線區(qū)，受到最為嚴(yán)格的保護(hù)。

要實(shí)現(xiàn)上述分區(qū)治理目標(biāo)，必須建立有別于傳統(tǒng)模式的考核目標(biāo)。環(huán)境分區(qū)治理是在確定區(qū)域主體發(fā)展功能的前提下針對區(qū)域具體環(huán)境狀況、經(jīng)濟(jì)社會發(fā)展?fàn)顩r做出具體的環(huán)境應(yīng)對措施。這種分區(qū)是建立在生態(tài)資源與環(huán)境保護(hù)利益基礎(chǔ)之上的，能協(xié)調(diào)區(qū)域發(fā)展，由此帶來不同主體功能區(qū)的地方政府職能不同。發(fā)展不再是政府的唯一職能，而是按不同主體功能區(qū)的職責(zé)來考核政府政績，不再惟GDP是從。

這種考核一要體現(xiàn)綠色考核的理念，二要體現(xiàn)差別考核的理念。綠色考核就是將生態(tài)建設(shè)與環(huán)境保護(hù)績效納入政府考核體系，并成為“一票否決”的約束性條件。差別考核就是按照環(huán)境分區(qū)的不同定位考核地方政府。換言之，禁止開發(fā)區(qū)和限制開發(fā)區(qū)直接考核生態(tài)建設(shè)和環(huán)境保護(hù)。優(yōu)化開發(fā)和重點(diǎn)開發(fā)區(qū)則通過調(diào)整產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)、促進(jìn)技術(shù)創(chuàng)新、提高資源利用率等方式促進(jìn)生態(tài)建設(shè)和環(huán)境保護(hù)。政績考核的差異性對環(huán)境分區(qū)管理目標(biāo)的實(shí)現(xiàn)具有激勵(lì)性和導(dǎo)向性。