這套體系的形成體現(xiàn)了歐盟的行政特點。作為以主權(quán)國家為成員的地區(qū)一體化組織，歐盟所有的立法、指令都要通過成員國貫徹才能推行。歐盟要做出減排承諾，內(nèi)部不是強制所有成員國減排，而是通過平衡達到整體承諾，如歐盟允許西班牙等過在一定期限內(nèi)甚至可以增加排放量，以維持經(jīng)濟增長和國內(nèi)產(chǎn)業(yè)保護。

在制定溫室氣體排放交易配額的過程中，歐盟也考慮到不同成員國的現(xiàn)實情況和整體政策的可行性。在西歐成員國中，環(huán)保技術(shù)得到了廣泛應(yīng)用，實現(xiàn)減排成本較低;而在中東歐和南歐部分成員國中，大型工業(yè)產(chǎn)業(yè)仍依賴于高排放技術(shù)，整體改造的成本較高。

基于這種背景，歐盟在創(chuàng)建碳排放交易體系過程中主要采取的方法是成員國申報，委員會批準的模式。即成員國根據(jù)自身情況綜合內(nèi)部產(chǎn)業(yè)情況制定國家年度排放配額，再提交委員會環(huán)境和能源部門進行討論。

在聯(lián)盟層次上，歐盟根據(jù)國際減排承諾、聯(lián)盟減排計劃等標準進行審批。體系啟動年度分配到相關(guān)國家的配額將略少于預計排放量，而且之后每年的配額將按減排計劃不斷減少，配額交易以年度進行結(jié)算并清零，產(chǎn)生供求需要，創(chuàng)建聯(lián)盟層面的配額交易市場。該體系為聯(lián)盟統(tǒng)一政策，一旦實施，國家將無權(quán)自主改變配額或重新調(diào)整行業(yè)間配額的分配。

對于大型利益集團，特別涉及成員國國家利益的能源與工業(yè)部門，歐盟為緩解阻力在體系運行開始時使用免費贈予企業(yè)配額的方式，逐步增加大型污染企業(yè)購買配額的壓力。