目前，無論是學術界還是管理部門對環(huán)境管理主管的職能定位始終沒有形成共識。主要表現(xiàn)為對綜合決策、綜合管理/統(tǒng)籌協(xié)調、統(tǒng)一監(jiān)督執(zhí)法、執(zhí)行層面的行政管理這些職能如何配置上。

1、主要定位于監(jiān)督執(zhí)法部門

曲格平從政府管理角度，提出“環(huán)境管理是指各級人民政府的環(huán)境管理部門按照國際頒布的政策法規(guī)、規(guī)劃和標準要求而從事的督促監(jiān)察活動”。

胥樹凡（2009）認為對環(huán)境管理部門的職能定位不準確是造成環(huán)境管理體制不順的主要原因。主要表現(xiàn)為三個方面：一是把具體做環(huán)境保護的職能與環(huán)境保護監(jiān)督執(zhí)法的職能混淆起來，而沒有把環(huán)保部門定位為監(jiān)督執(zhí)法部門，而是當作綜合管理部門，存在職能定位錯位；二是環(huán)保部門職能定位沒有體現(xiàn)不同層級的差異性；三是職能定位層次不高，側重于做具體事務，針對企業(yè)的直接管理。為此，他建議進步改革環(huán)境管理的思路是：監(jiān)管分離，強化監(jiān)督，突出執(zhí)法，明確責權，垂直管理。

杜群（1993）認為，環(huán)境管理體制與我國行政管理體制一樣，長期存在機構職責不明確，部門之間職責交叉，關系不順問題。環(huán)保法賦予了環(huán)保專門機構統(tǒng)一監(jiān)督管理的職能，但由于法律并未就這一原則的內涵和外延作進一步的規(guī)定，也就沒有從實質上理清統(tǒng)一監(jiān)督管理部門與分工負責部門的職權界限，橫向主次關系模糊。在實際工作中，這一原則的操作性十分柔弱。進一步改革需要加強監(jiān)管的統(tǒng)一性。

2、多種職能定位

1980年，時任國務院環(huán)境保護領導小組辦公室副主任的曲格平提出，環(huán)境管理的基本職能主要有三項：第一，編制環(huán)境保護規(guī)劃；第二，組織環(huán)境保護工作的協(xié)調；第三，進行環(huán)境保護工作的監(jiān)督。

馬中和吳?。?004）提出，為了深化市場經(jīng)濟改革和實施可持續(xù)發(fā)展戰(zhàn)略，新的環(huán)境管理體制應當能夠更充分地代表國家和人民的利益，也更具有更高的權威和更強的能力，應該具備這樣一些基本特征。1）新的體制是高度統(tǒng)一的，在統(tǒng)一決策的基礎上，由代表國家利益又沒有部門色彩的政府主管機構統(tǒng)一監(jiān)督其他政府部門和地方政府執(zhí)行環(huán)境保護法律法規(guī)。由于環(huán)境問題的整體性和事關國計民生，污染和生態(tài)分而治之的局面應當改變。2）新的體制應是分工合作的，環(huán)境保護的國家性、全民性、長期性和跨部門性，決定了環(huán)境保護管理工作必須有多部門參與，各司其職，分工執(zhí)行。3）新的體制應真正落實綜合決策，過去的經(jīng)驗和教訓已經(jīng)無數(shù)次地證明：環(huán)境與發(fā)展綜合決策是最有效率也是效果最好地保護環(huán)境、解決環(huán)境問題的途徑，主要有兩種形式：①通過參與決策過程，包括主持擬訂或制定環(huán)境保護的法律、法規(guī)、規(guī)章、規(guī)劃和標準；參與擬訂和制定有重大環(huán)境影響的法律、法規(guī)、政策和規(guī)劃，對與環(huán)境保護有關的法律、法規(guī)和政策草案提出建議和意見；②通過監(jiān)督機制，對發(fā)展戰(zhàn)略、社會經(jīng)濟政策、發(fā)展規(guī)劃和建設項目實施環(huán)境影響評價；監(jiān)督部門、地方的環(huán)境保護工作；對生態(tài)狀況、環(huán)境質量和污染物排放實施監(jiān)測。4）新體制應具備跨部門協(xié)調的功能，在有關環(huán)境保護的事務超越有關政府部門職能范圍時，在國務院的層次上協(xié)調和解決部門間、地區(qū)間、短期利益與長期目標之間、不同政策之間關于環(huán)境與發(fā)展的關系和問題。為此，建議中國政府恢復設立國務院環(huán)境保護協(xié)調機構。

一些學者從歷年的《環(huán)保部機關"三定"實施方案》和當前的實際職能分析，發(fā)現(xiàn)國家授權時，環(huán)保部門的職能已從"統(tǒng)一監(jiān)督管理"轉向"綜合協(xié)調"（王曦，鄧旸，2011；高曉露，2012）。亞行（ADB，2012）報告分析發(fā)現(xiàn)，中國環(huán)保部的12項職能中，其中4項涉及環(huán)保機構的建立、環(huán)境研究和技術開發(fā)，開展國際環(huán)境合作、開展環(huán)境宣傳和教育，其余8項均與監(jiān)督、監(jiān)測和監(jiān)察和管理環(huán)?；顒佑嘘P。同時提出，中期的改革目標是統(tǒng)籌整合相關部委的生態(tài)保護職能，由國家環(huán)境保護部統(tǒng)籌協(xié)調和監(jiān)督管理國家環(huán)境事務和生態(tài)保護工作。

任景明（2013）認為，環(huán)境保護職能與現(xiàn)代政府的四大職能（經(jīng)濟調節(jié)、市場監(jiān)管、社會管理、公共服務）均有涉及。1998年國家環(huán)?？偩殖闪r的三定方案12項職能可以概括為行政立法、執(zhí)法和監(jiān)督三大類。并建議將環(huán)保部的職能專注于首位兩端：定規(guī)則和看結果。如果環(huán)保部門熱衷于具體治污職能，將存在“運動員”與“裁判員”合二為一，弱化監(jiān)管力度的問題。

3、關于加強綜合決策、綜合管理/統(tǒng)籌協(xié)調職能

環(huán)境問題產(chǎn)生的主要原因是"市場失靈"和"政府失靈"?！罢ъ`”的主要表現(xiàn)是環(huán)境管理體制存在弊端，如管理機構設置不盡科學、缺乏綜合協(xié)調機制、管理模式單一、公眾參與缺失等，為此，李亞紅（2008）建議必須創(chuàng)新環(huán)境管理體制與制度?，F(xiàn)代環(huán)境管理體制應該能夠實現(xiàn)環(huán)境保護的統(tǒng)一決策和統(tǒng)一監(jiān)督，實現(xiàn)部門之間良好的分工與協(xié)作，應該建立有效的協(xié)調機制和多元化的管理模式，應該能夠在國家管理的基礎上引入公眾參與的力量。國冬梅（2008）認為，新成立的環(huán)境保護部還不能很好地解決與相關部門的職能交叉問題，因此建議恢復組建新的國務院環(huán)保委員會或可持續(xù)發(fā)展委員會，辦公室可設在環(huán)境保護部，另外可推動制定協(xié)調部際環(huán)保工作的法律性或授權性文件，從而推動綜合決策落實到位。

龔亦慧（2008）提出，全面提升環(huán)境保護在國家執(zhí)政體系中的地位，要賦予環(huán)境部門更高、更強的決策和綜合協(xié)調權力。王怡、王艷秋等（2011）提出，環(huán)境管理體制模式應以統(tǒng)一監(jiān)管機制、協(xié)調機制、綜合決策機制、三元機制為運行機制，消除環(huán)境問題中的體制性障礙，實行垂直和扁平化管理相結合。馬中和吳?。?004）認為，環(huán)境保護沒有部門色彩，所代表的是國家和社會的整體利益，強化環(huán)境保護職能，能夠抑制一些部門的利益動機。新的環(huán)境管理體制應當是高度統(tǒng)一的，應當是分工合作的，應當真正落實綜合決策，還應當具備跨部門協(xié)調的功能。

任景明（2013）比較系統(tǒng)完整地研究了環(huán)境保護參與宏觀調控職能的歷史、現(xiàn)狀、經(jīng)驗教訓以及改革建議。他認為環(huán)境問題的復雜性和環(huán)境管理的系統(tǒng)性，使人們認識到統(tǒng)一監(jiān)管是環(huán)保工作的基本要求，綜合決策是其重要宗旨。為此，他提出要進一步建立環(huán)境與發(fā)展綜合決策機制，設置跨部門高規(guī)格環(huán)境管理協(xié)調機構。關于環(huán)保參與宏觀調控的手段，任景明認為，除了運用傳統(tǒng)的財政和貨幣等經(jīng)濟宏觀政策手段以外，也包括政府直接干預市場主體的行為的發(fā)展規(guī)劃、法律手段和行政手段等非傳統(tǒng)意義的宏觀調控手段，如市場準入、數(shù)量管制和價格管制、自然壟斷和共有資源管理等。2004年以來，國家環(huán)?？偩指鶕?jù)國務院要求，運用環(huán)境標準、環(huán)評等手段，組織開展鋼鐵、水泥、電解鋁行業(yè)投資項目專項清理，2006年進行的綠色GDP核算，以及開展環(huán)境功能區(qū)劃，研究不同區(qū)域的功能定位和發(fā)展方向、資源環(huán)境稟賦、經(jīng)濟條件，制定不同的產(chǎn)業(yè)準入門檻，2007年提出的“區(qū)域限批”等都是環(huán)境管理部門參與宏觀調控的形式。

在反思環(huán)境管理主管部門參與宏觀調控的效果未達預期的主要原因時，任景明認為主要是：1）項目資金來源的多元化，宏觀調控著眼點以外的“自籌和其他資金”項目從1981年的55%上升到2006年的72.6%；2）以重點行業(yè)規(guī)模以上企業(yè)為重點宏觀調控對象，導致占企業(yè)總數(shù)99.9%、國內生產(chǎn)總值的50.5%，污染負荷約占50%以上的中小企業(yè)未納入宏觀調控范圍；3）在GDP考核和生產(chǎn)型增值稅的體制背景下，徹底將中國推向了一個不計資源環(huán)境后果的國際產(chǎn)業(yè)大規(guī)模轉移下的“世界工廠”。在前兩個因素影響下，“十五”期間，國家環(huán)保總局共審批建設項目僅占全國審批建設項目的0.17%，計劃投資占同期全社會固定資產(chǎn)計劃投資額的11.6%。由此，他認為現(xiàn)行的環(huán)境管理制度（主要指宏觀調控）的體制機制很難抵擋各利益主體膨脹的低質“增長”的動力。

綜上所述，學者們對強化統(tǒng)一監(jiān)督執(zhí)法基本沒有太多分歧，同時也傾向于在監(jiān)督執(zhí)法基礎上增加綜合管理的權限，但是對于如何配置綜合決策、統(tǒng)籌協(xié)調權的方式以及現(xiàn)有體制下的可行性方面有不同認識，對具體執(zhí)行職能的分權、放權還是爭議較大，學者觀點相對同意執(zhí)行分權，但管理者擔心監(jiān)督執(zhí)法權很弱的情況下，將執(zhí)行權分權、下放可能進一步弱化環(huán)境管理主管部門。