實施排放權(quán)交易制度的國家需對交易活動建立嚴(yán)密的監(jiān)管制度，以收集、掌握交易信息，追蹤排污指標(biāo)的去向和監(jiān)督交易行為。法律確立的監(jiān)管秩序和政府行政管理部門實施有效監(jiān)督，是保護(hù)自由、公平的交易和總量控制目標(biāo)實現(xiàn)的必然手段，也是實現(xiàn)環(huán)境效益與經(jīng)濟(jì)效益相統(tǒng)一的重要保障。政府監(jiān)管主要通過以下制度進(jìn)行：

       排污者的最低限制是主體的排污技術(shù)和設(shè)備要求達(dá)到法定要求，對不能達(dá)到該要求的新排放源，則沒有購買資格，其排放權(quán)交易行為和結(jié)果則應(yīng)確定為無效。環(huán)境保護(hù)監(jiān)督管理部門要對交易雙方主體資格進(jìn)行認(rèn)定，加大對出售指標(biāo)者的環(huán)境監(jiān)測和監(jiān)督，只有符合條件者才能進(jìn)行交易獲得排放權(quán)，防止環(huán)境污染的加劇。在出售排污指標(biāo)這個要求上，除了企業(yè)因為縮減生產(chǎn)規(guī)模而閑置排污指標(biāo)外，對于企業(yè)因為技術(shù)改造而節(jié)余排污指標(biāo)也應(yīng)符合一定的要求。

       登記是政府掌握排污及排污指標(biāo)情況的基本手段。相關(guān)登記包括排污申報登記、排污指標(biāo)登記和排污指標(biāo)交易登記等。排污申報登記是分配排污指標(biāo)的基礎(chǔ)，我國現(xiàn)在已全面實現(xiàn)了排污申報登記制度?！董h(huán)境保護(hù)法》第27條規(guī)定：“排放污染物的企業(yè)事業(yè)單位，必須依照國務(wù)院環(huán)境保護(hù)行政主管部門的規(guī)定申報登記?！爆F(xiàn)有的制度可以充分利用。排污指標(biāo)登記要求所有持有排污指標(biāo)的單位和個人，就其持有的指標(biāo)數(shù)量、種類等情況進(jìn)行登記，登記機(jī)構(gòu)按行政區(qū)域或者總量控制區(qū)域設(shè)置，有必要時，還要設(shè)置全國性的登記機(jī)構(gòu)。排污指標(biāo)交易登記是要求交易雙方當(dāng)事人就排污指標(biāo)交易情況進(jìn)行登記，交易雙方都應(yīng)在環(huán)保局指定的系統(tǒng)內(nèi)建立一個賬戶，所有的交易活動都要通過賬戶進(jìn)行。

       按照總量控制計劃的設(shè)計，每個計劃年度，所有的排污指標(biāo)持有者都應(yīng)提交一份年度報告，詳細(xì)、準(zhǔn)確地報告其排污指標(biāo)的變化情況。例如哪些指標(biāo)已用于填補(bǔ)排污數(shù)額，哪些指標(biāo)已用于交易，哪些指標(biāo)儲存起來留待將來之用，哪些指標(biāo)是新增的。

       加強(qiáng)環(huán)境監(jiān)測網(wǎng)絡(luò)建設(shè)。環(huán)境容量交易的前提是產(chǎn)權(quán)明晰，而環(huán)境容量的界定離不開環(huán)境監(jiān)測。要從產(chǎn)權(quán)交易的角度出發(fā)要求環(huán)境監(jiān)測在方法、技術(shù)、手段、規(guī)范、標(biāo)準(zhǔn)上與之相配套，制定一系列的制度，為產(chǎn)權(quán)交易提供公正、科學(xué)的數(shù)據(jù)。加大環(huán)境監(jiān)測工作，采用先進(jìn)監(jiān)測技術(shù)，發(fā)展自動監(jiān)測系統(tǒng)，精確計算企業(yè)所用環(huán)境容量的量以及企業(yè)通過治理污染盈余的量，從而為環(huán)境容量的交易提供條件。

       為了全面、及時地了解排放權(quán)的持有、交易等情況，政府有必要建立統(tǒng)一的賬戶管理系統(tǒng)和信息系統(tǒng)，信息系統(tǒng)不但為政府服務(wù)，也為私人機(jī)構(gòu)服務(wù)。