《條例》是1994年實施的《深圳經(jīng)濟特區(qū)環(huán)境保護條例》的“升級版”。與傳統(tǒng)環(huán)保立法主要圍繞“水、大氣、土壤”三大領域污染防治進行規(guī)定不同，此次《條例》結合“雙區(qū)”建設需要，新增了生態(tài)修復、生物多樣性保護等制度設計，對生態(tài)環(huán)保立法進行了重構。

近年來，深圳市先后制定出臺了一系列有關大氣、水、土壤污染防治的行動計劃，取得顯著成效。為鞏固污染防治攻堅戰(zhàn)的成果，《條例》授權市政府制定嚴于國家標準的生態(tài)環(huán)境保護強制性地方標準。同時，創(chuàng)新環(huán)境影響評價制度以及生態(tài)修復機制。生態(tài)修復以自然恢復為主，人工修復為輔，有關部門應制定、完善生態(tài)修復標準，并對實施生態(tài)修復的重點區(qū)域、流域開展生態(tài)修復成效評估。

生物多樣性是維持生態(tài)平衡的基礎，《條例》就此作出一系列創(chuàng)新規(guī)定。要求有關部門編制生物多樣性保護行動計劃，明確重點保護范圍和保護區(qū)域；加強對野生生物天然集中分布區(qū)、野生動物遷徙洄游通道的保護，對生態(tài)功能嚴重退化的棲息地、破碎化的典型生態(tài)系統(tǒng)開展生物多樣性保護與生態(tài)修復；建立和完善野生動植物就地和遷地保護機制，建設種質資源庫、動物細胞庫等離體保存設施等。