第一，減排目標(biāo)。第一階段（2005-2007年）為試點(diǎn)階段，檢驗(yàn)歐盟碳排放權(quán)交易體系的制度設(shè)計(jì)，建立基礎(chǔ)設(shè)施和碳排放交易平臺(tái)。第二階段（2008-2012年）為履約階段，履行《京都議定書》8%的減排目標(biāo)。第三階段（2013-2020年），預(yù)計(jì)2020年歐盟碳排放量比2005年降低21%。

第二，排放許可上限。第一階段（2005-2007年）的排放許可上限，由成員國(guó)提交國(guó)家分配方案，經(jīng)歐盟委員會(huì)批準(zhǔn)后確定配額總量。第二階段（2008-2012年）的排放許可上限比第一階段嚴(yán)格，也是由各成員國(guó)提交國(guó)家分配方案并經(jīng)歐盟委員會(huì)批準(zhǔn)后確定配額總量。第三階段比前兩階段更嚴(yán)格，并每年下降1.74%，取消NAP，有歐盟確定總量。

第三，覆蓋范圍。第一階段（2005-2007年）主要是二氧化碳?xì)怏w，約有11?000多個(gè)工業(yè)設(shè)施，包括發(fā)電廠、煉油廠、焦?fàn)t、鋼鐵廠、水泥廠、玻璃廠等。第二階段（2008-2012年）主要也是二氧化碳?xì)怏w。除第一階段的行業(yè)外，2012年起，將航空部門納入交易體系。第三階段（2013-2020年）除二氧化碳外，二氧化氮等溫室氣體被納入體系內(nèi)，同時(shí)，行業(yè)范圍繼續(xù)擴(kuò)大到化工、合成氨和煉鋁等部門。

第四，交易機(jī)制。第一階段（2005-2007年）的交易機(jī)制主要是碳交易、清潔能源發(fā)展機(jī)制。第二階段（2008-2012年）的交易機(jī)制包括碳交易、清潔能源發(fā)展機(jī)制和聯(lián)合履約機(jī)制。第三階段（2013-2020年）的交易機(jī)制和第二階段的交易機(jī)制相同。

第五，超標(biāo)處罰機(jī)制。第一階段（2005-2007年）的處罰機(jī)制為：如果超額排放，超額部分每標(biāo)準(zhǔn)噸二氧化碳將被處以40歐元的罰款。第二階段（2008-2012年），如果超額排放，則超額排放部分每標(biāo)準(zhǔn)噸二氧化碳將被處以100歐元的罰款。相比第一階段，第二階段的處罰力度更大。