在第一階段和第二階段，歐盟采用“自下而上”的分配方式，歐盟委員會(huì)根據(jù)“總量控制、負(fù)擔(dān)均分”的原則，依照歐盟整體的減排目標(biāo)和各成員國(guó)的減排承諾，在歐盟內(nèi)部協(xié)調(diào)確定了各個(gè)成員國(guó)分擔(dān)的減排義務(wù)。每一個(gè)歐盟成員國(guó)要提交一份國(guó)家分配計(jì)劃（National Allocation Plan, NAP），包含每個(gè)設(shè)施的排放總量，各國(guó)NAP由歐盟委員會(huì)修改審查通過(guò)。之后排放總量被轉(zhuǎn)化為配額，由各國(guó)根據(jù)其NAP分配到每個(gè)設(shè)施。大部分的配額通過(guò)免費(fèi)的形式直接發(fā)放，另外還有大約10%的配額通過(guò)拍賣，拍賣主要在英國(guó)和德國(guó)進(jìn)行。第三階段由歐盟統(tǒng)一的排放總量代替先前的由各國(guó)分配計(jì)劃確定的國(guó)家排放總量（配額分配機(jī)制的詳細(xì)變化見(jiàn)下表）。

歐盟委員會(huì)在前兩個(gè)階段均采用了免費(fèi)分配為主，有償分配為輔的分配方式，這兩個(gè)階段中的實(shí)際拍賣量從第一階段的300萬(wàn)噸（占比0.13%）至第二階段的750萬(wàn)噸（占比約4%），和歐盟期望的5%－10%的趨勢(shì)仍有距離，但有償分配方式已逐漸成型。

象征EUETS改革的第三階段力推配額拍賣方式，從2013年開(kāi)始，電力部門（利用廢氣發(fā)電和部分中東歐國(guó)家的除外）以及捕獲、傳輸和儲(chǔ)存二氧化碳的部門將全部通過(guò)拍賣獲得配額。對(duì)于電網(wǎng)建設(shè)較為落后或能源結(jié)構(gòu)較為單一且經(jīng)濟(jì)較不發(fā)達(dá)的10個(gè)成員國(guó)，歐盟提供了“減損”選擇，允許其在第三階段的電力部門配額從免費(fèi)分配逐漸過(guò)渡到拍賣，2013年時(shí)可以獲得最多70%的免費(fèi)配額，比例逐年遞減，到2020年時(shí)需要全部通過(guò)拍賣獲得。最終有8個(gè)東歐國(guó)家（捷克、保加利亞、羅馬利亞、愛(ài)沙尼亞、匈牙利、塞浦路斯、立陶宛和波蘭）采取了此選擇，拉脫維亞和馬耳他放棄了該方案。只有在2008年12月31日開(kāi)始運(yùn)行的發(fā)電設(shè)施才可以獲得免費(fèi)配額。對(duì)于工業(yè)和熱力部門，無(wú)碳泄漏風(fēng)險(xiǎn)的行業(yè)拍賣比例將從2013年的20%上升到2020年的70%，目標(biāo)是到2027年實(shí)現(xiàn)100%拍賣。面臨歐盟外部競(jìng)爭(zhēng)、存在高碳泄漏風(fēng)險(xiǎn)的行業(yè)將在第三階段獲得100%免費(fèi)配額。